【特區】日本“特區” 全稱“結構改革特別區域”（以下簡稱“特區”），指“國家承認其采取不同于全國統一制度的區域”。
（1）設立目的：政府規定特區在實施相關法律法規時，可以不拘泥于原有法律法規的條條框框，采取更多靈活有效的方式應對，一可以充分突出地方的特性，創造出更多適應該地區特色的新興產業，擴大消費者利益，使該地區經濟迸發更大活力；二可以通過特區結構改革的成功，進一步帶動全國結構改革風潮，達到盤活全國經濟的最終目的。
（2）主管機構：日本內閣下設“結構改革特區推進本部”，由首相本人擔任本部長，內閣官房長官、金融經濟財政大臣和規制改革大臣以及新任命的“結構改革特區擔當大臣”為副本部長，其他大臣均為成員。本部還設立干事，干事由首相任命相應行政機構的官員出任。本部的事務性工作由內閣官房負責，內閣府予以協調。
（3）相關法律：2002年12月，日本國會通過法律第189號《構造改革特別區域法》，法律詳細規定了特區的基本方針、政府對特區計劃的認定標準、特區可實施的法律法規的特殊規定和構造改革特別區域推進本部。截至2006年1月1日，日本13個中央政府部門已制定了包括道路交通、教育、農林水產、產業振興及醫療等各領域共100余條主要特殊規定。
（4）特區發展情況：截至2006年5月18日，日本內閣官房已認定了11批特區計劃，共計批準878個構造改革特區。日本全國47個行政區域都設有特區。其中較具代表性的特區是向普通企業法人放開農耕牧業生產經營的農業特區。
【國家戰略特區】日本國家戰略特區，是2012年12月上臺的安倍政權經濟成長戰略中的重要一環。旨在加大某區域內經濟政策的放寬力度、激發民間投資活力從而促進經濟增長。
截至2014年3月28日，日本政府已發表國家戰略特區包括：東京圈（國際化商務及創新產業基地）、關西圈（醫療產業及創新型人才培育基地）、沖繩縣（國際化旅游觀光基地）、新潟縣新潟市（大型農業改革基地）、兵庫縣養父市（農業改革基地）、福岡縣福岡市（創業雇傭改革基地）。
【保稅區】日本保稅區分為指定保稅區和許可保稅區兩種基本類型。
（1）指定保稅區：通常由日本各級政府設立，屬于城市公共設施。目前日本全境共有85處，主要是在臨港地區劃分一塊區域，在此區域內進行外國貨物的裝卸、搬運，以及海關報關所需的簡單改裝與分類，但不能進行改變貨物性質的復雜加工和制造，貨物存放時間不超過一個月。
（2）許可保稅區：通常是由私人企業向日本海關申請，得到批準后設立的，運營均為私有性質。主要有四種類型：一是保稅倉庫。保稅倉庫與指定保稅區功能基本相同，但區位不一定臨近港口，貨物存放時間可長達兩年。保稅倉庫數量眾多，目前日本共有5206家。二是保稅工廠。保稅工廠內可以對外國原材料進行保稅加工或制造，并出口國外。保稅工廠運營期限為兩年，但可依據情況申請延長，目前日本有326家。三是保稅展示場。保稅展示場內可進行外國貨物的保稅展覽及交易。目前，日本常年存在的保稅展示場僅有國立文化機構九州國立博物館和長崎孔子廟中國歷代博物館兩家，根據需要，日本海關通常會每年不定期批準約20家。四是綜合保稅區。綜合保稅區功能較為齊全，包括以上所有保稅區的功能，可以進行外國貨物的藏置、加工、制造及展覽。目前日本僅有橫濱港國際流通中心、川崎物流中心、中部國際空港及愛媛國際物流樞紐四家。
（3）申請與監管
日本保稅區申請比較簡單，處理審核時間相對較短，如果條件符合，一般在一個月內即可獲得批復。指定保稅區由于屬于公共設施，申請需得到日本財務大臣的批準。許可保稅區則只需向所在地所屬的日本海關稅關申請，得到稅關長的批準即可。日本將全境分為九大稅關，每一稅關都具有批準保稅區申請的權力。
（4）日本保稅區的監管實行收費制。申請保稅區的公司每月按面積大小向各稅關交納管理費，收費標準為每1000坪每月2.03萬日元（1坪＝3.30579平方米）。由于日本保稅區數量眾多，且分布相對分散，稅關監管人員無法對其進行日常監管。因此，保稅區的日常監管以各保稅區自行監管為主，稅關監管人員每年進行一兩次不定期抽查。如發現違反規定的行為會依據相關法律進行處罰，嚴重的甚至將被撤銷保稅區資格。
（5）法律保障
日本保稅區遵循先立法、后設區的原則，保稅區的法律經過了多年的演變與改進。1954年，日本制定《關稅法》，對之前針對保稅區實行的法律《借庫規則》、《保稅倉庫法》、《海關倉庫法》、《倉庫法》及《保稅工廠法》予以統一、修正。《關稅法》對日本海關管轄的各方面事宜均做出詳細的法律規定。其中，第37條、第42條、第56條、第62條第2款、第62條第8款分別對指定保稅區、保稅倉庫、保稅工廠、保稅展示場及綜合保稅區等不同類型的保稅區做出了不同的規定。
（6）發展現狀
日本的保稅區基本集中在日本港口比較發達的東京灣及京阪神地區，其中橫濱稅關所轄區域是日本保稅區最集中的地方，在區域數量及面積兩方面均位列九大稅關之首，日本僅有的四個綜合保稅區，其中三個落戶于橫濱和神戶兩大稅關。這種集中客觀上更有利于保稅區發揮其自身功能。
保稅倉庫數量由1998年頂峰時的5585家減少到2009年的5206家。盡管數量持續下降，但保稅倉庫的面積則在2003年到達最低點后出現反彈，呈現上升勢頭，存留下來的保稅倉庫具有較強的競爭能力。綜合保稅區的面積始終保持不斷增長的態勢，具有一定的發展潛力。
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