《免稅區法》和《免稅區商業公司法》構成吉布提國內免稅區的法律框架。根據相關條款規定，“免稅區法所有管理和組織的規定適用于現存和未來所有的免稅區”，“與本法違背的所有規定廢止”，“所有在免稅區商業企業法頒布前組建的免稅區股份有限公司以及免稅區企業，如希望繼續其在吉布提共和國免稅區內經營，須符合本法條款，并在本法生效起12個月內采取免稅區許可的公司形式”，“不符合上述條款的免稅區股份有限公司和免稅區企業將按規定在給予的時限過后解散”。
由此，上述兩部法律重新建立了吉布提國內免稅區的法律框架，對以往頒布的相關法律制度進行了整合，廢止了原先的“工業免稅區”、“免稅區企業”和“免稅區股份有限公司”等制度，重新規定了免稅區內企業應采取的組建形式，明確了免稅內公司企業可以享受的優惠待遇，很大程度上改變了以往法律重疊交叉，執行復雜的弊端，使吉布提國內免稅區發展能夠在統一的法律框架下進行，也有利于對外宣傳，增強對外資的吸引力。
在新的法律框架下，吉布提國內的免稅區管理都歸屬于2003年10月建立的吉布提港口和免稅區管理局。
2. 吉布提港口和免稅區管理局（Djibouti Ports & Free Zones Authority）
吉布提港口和免稅區管理局在2002年6月建立的免稅區管理局（Autorité de la Zone Franche）基礎上成立，是免稅區內企業和經營者唯一的行政手續辦理中心，接受和批準企業入區申請，承擔登記注冊等具體管理和免稅區的開發運營。
根據相關法令，管理局內設董事會，直接受總統府管轄，獨立執行免稅區管理經營的相關職責，不受政府其他部委的制約。董事會負責相關法律的執行和內部規章的建立，監管免稅區內的經營活動等，并負責執行除Jebel Ali免稅區權限之外的管理職能。
目前管理局內主要由管理（Authority）和經營（Management）兩個部門組成。其中管理部門由吉布提政府直接負責，主要負責免稅區的行政管理和監督，并設有一站式窗口（One stop shop service），可提供諸如海關手續、簽證、居住證等服務；經營部門則由迪拜Jebel Ali免稅區直接派遣“吉布提免稅區經理”（Djibouti Free Zone Manager），具體負責免稅區開發經營活動。
3. 吉布提免稅區的基礎設施情況
免稅區占地17公頃，預計可容納約45家企業入駐，據統計，已有包括迪拜、埃塞、約旦在內的30余家企業在吉布提免稅區內落戶。免稅區可為投資者提供良好的運營條件。投資者可選擇直接租賃按照國際標準建設的倉庫，也可以租賃空地，自行建設所需的相關設施。免稅區內可自由進行符合規定的倉儲、商品集散、輕加工等經營活動。
免稅區內基礎設施建設參照了迪拜Jebel Ali免稅區，大體可分為倉庫區，輕加工單位（Light industrial units）區，人道主義援助倉庫區，辦公室單位（Office Unit）區和待出租土地四部分。
免稅區基礎設施建設分為兩期。一期在2004年10月免稅區投入運營時已基本出租完畢，主要包括：
-12個倉庫，租金：60美元/平方米/年，分為2個類型：
*1116平方米的倉庫＋224平方米的辦公場所：80400美元/年；
*558平方米的倉庫＋56平方米的辦公場所：36840美元/年。
-面積由1500平方米至10000平方米大小不等的待租賃土地，租金9美元/平方米/年。投資者可根據自身需求建設相關生產經營設施。
二期建設已接近尾聲，預計于今年6月完工，目前已開始接受預定。主要包括：
-34個輕加工單位，用于倉儲、銷售或輕加工，每個單位由460平方米的工作區和50平方米的辦公室組成，租金60美元/平方米/年。
-64個辦公室單位，提供給那些只希望租用辦公室的公司，每個辦公室單位26平方米，租金250美元/平方米/年
-9100平方米的開放式倉庫，用于儲存人道主義援助。
4. 企業入區程序
根據規定，企業獲得管理局發放的許可證方可在免稅區內開展經營活動。相關審批程序如下：
1） 資格預審。
根據《免稅區商業公司法》，區內企業可采取如下三類組建形式之一：已注冊公司（包括海外公司）所設立的分公司；免稅區個人有限責任企業（Société unipersonnelle à responsabilité limitée de Zone Frznche / Free Zone Establishment，縮寫為“FZE”）；免稅區有限責任公司（Société à responsabilité limitée de Zone Frznche / Free Zone Compagnie，縮寫為“FZCO”）。
A. 分公司
無最低資本限制，但需出示董事會要求在免稅區設立分公司并且保證資金支持的決議在內的相關文件。
B. 免稅區個人有限責任企業
FZE由唯一持股人建立，其債務責任限于其已繳股本，公司最低資本額為14萬美元。
C. 免稅區有限責任公司
FZCO為有限責任公司，由2-5名股份持有人組建，無須本地持股人參與，其業務完全與持股人其他業務分離。公司最低資本額要求為7萬美元，每個持股人不低于1.4萬美元。
2）建立企業所需文件
A. 分公司
-公司注冊證書或公司建立原始證明 證明/公證
-合作契約備忘錄及條款 證明/公證
-董事會要求在免稅區設立分公司并且保證資金支持，以及委派如下人員的決議 證明/公證
*協商人或法人代表＋授權證書＋簽字樣本＋護照復印件
公證
*經理或公司代表＋簽字樣本＋護照復印件 公證
B. 建立FZE或FZCO所需文件
個人申請
-申請人的個人情況，如商業背景。
*申請人簽字樣本＋護照復印件 公證
*銀行原始證明。 公證
-公司擁有人的聲明及對人員的委派：
*協商人或法人代表＋授權證書 公證
*經理＋簽字樣本＋護照復印件 公證
*董事＋簽字樣本＋護照復印件 公證
*秘書＋簽字樣本＋護照復印件 公證
非個人申請
-公司注冊證明或公司建立的原始證明 證明/公證
合作契約備忘錄及條款 證明/公證
-董事會要求建立FZE或FZCO，以及委派人員的決議：
*協商人或法人代表＋授權證書 公證
*經理＋簽字樣本＋護照復印件 公證
*董事＋簽字樣本＋護照復印件 公證
*秘書＋簽字樣本＋護照復印件 公證
2）許可證獲得
A. 許可證類型
獲得批準進入免稅區經營的企業，根據經營范圍，可獲得由管理局頒發的五類經營許可證：貿易許可證，一般貿易許可證，工業許可證，國家工業許可證和服務許可證。
貿易許可證：從事商品銷售、進出口的企業，進出口商品不超過5種。
一般貿易許可證：從事商品銷售、進出口的企業，進出口商品種類沒有數額限制。
工業許可證：從事制造、罐裝、包裝和再裝配等活動的企業。
國家工業許可證：已在某一免稅區內建立，或已在吉布提或國外注冊的企業，企業不低于51％的資本須為吉布提人擁有。
服務許可證：持有所在國政府頒發的有效許可證的在吉企業。此類公司被允許從事銀行、保險、職業介紹等的專業服務。
B. 許可證獲取和租約簽署
-遞交完整的“許可證申請”表；
建立FZE或FZCO類型的企業需要遞交FZE / FZCO申請表。
-初審通過后，投資者需遞交相關的法律文件（見上文），并獲得一份免稅區租賃契約樣本、免稅區規章等；
-如果所有文件符合規定，投資者可簽署真實的租賃協約等文件，支付相關費用后租約生效。
-一個工作日后獲發許可證。
對于FZE & FZCO類型的公司，還必須證明建立公司的所需的資金已存入銀行，之后即獲得公司組建和公司股本證明。
對于在免稅區租賃土地自行建設生產設施的投資者，還需要完成如下附加手續：
*由當地已注冊的建筑顧問提出詳細圖紙。
*申請人需獲得吉布提電力，水利，電信部門的建設無異議證明(Building No Objection Certificate)，并且遞交至管理局。
*經審核通過后，可獲得建筑許可，可由當地已注冊公司開建。
*完工時，租賃人需通過建筑顧問要求管理局檢查場地。
*如果建筑工程沒有問題，將獲得建筑“完工證明（Completion Certificate）”，并將此證明交給EDD、ONED以便接通水、電。
*所有機器設備安裝后，將獲得“適宜經營證明（Operation Fitness Cerficate）”。只有獲得免稅區管理局頒發的“完工證明”和 “適宜經營證明”后，申請人運營方可獲得批準。
*建筑工程完工，或整個項目的70％已完成，即可獲發許可證。
5. 區內企業可享受的優惠待遇和便利條件
根據兩部法律規定，區內企業無須繳納任何直接稅和間接稅，還可享受進口商品免稅，利潤可百分之百出境等優惠待遇。管理局設有針對投資者的一站式窗口服務，包括企業組建、注冊、海關手續、人員簽證、駕照及其他企業所需的服務均可在免稅區內完成，大大簡化了投資程序。而且免稅區的基礎設施建設較為完備，企業入區后可直接開展經營，在外國勞工使用上也更加靈活，僅僅規定企業在投入運營后的第一年底和第三年底本國雇工數量須達到30%和70%，有較大彈性。
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